しかし、翌年1999年の開幕前にファームでの練習中、チームメイトに首筋を踏まれた影響で目眩や吐き気に悩まされ、精密検査の結果、自律神経失調症と診断された。6月には野球ができる精神状態ではなかったことから実家に帰省、この年の一軍登板はなかった。10月初旬に戦力外通告を受けた。この頃について、「休まる時がなかった」「逃げ出したかった」と後に振り返っているほか、一部報道では「一部のチームメイトから後頭部を踏まれるなどの嫌がらせを受けていた」とも語っており、球団側は事態を重く見て事実関係を調査すると山村に約束していた。その後、阪神側が関係者に事情聴取したところ、嫌がらせは事実だったことが判明したが、球団側はそれと自律神経失調症との因果関係は認めなかった。

阪神退団後、ウエスタン・リーグで投げていた時の光景が梨田昌孝の目に止まり、2000年3月に大阪近鉄バファローズの入団テストを受けて合格。

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